在公司拖欠工资申请劳动仲裁时，部分特殊情况会影响处理结果：
1. 证据隐匿/销毁：若公司故意藏匿或销毁考勤记录、工资支付凭证等应由其掌握的证据，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条，公司需承担不利后果，仲裁委可能支持劳动者主张。但劳动者需向仲裁委说明证据由公司掌握，举证及沟通难度增加。
2. 涉及商业秘密/隐私：若争议同时涉及商业秘密或个人隐私，仲裁中需对相关证据/信息保密，影响质证与公开审理，可能延长仲裁时间。劳动者与仲裁委需在保护隐私与查明事实间做好平衡。
3. 多重法律关系：如劳动者与公司存在劳动与合作经营双重关系，劳动关系认定复杂。仲裁委需先厘清关系性质，才能处理工资拖欠问题，增加仲裁复杂性与时间成本。
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公司拖欠工资申请劳动仲裁有效，但需准备充分证据：
1. 提供劳动合同、工资条、考勤记录等证明劳动关系及拖欠事实的证据，仲裁委通常支持劳动者诉求，要求公司支付拖欠工资。
2. 若公司否认劳动关系，劳动者可提供工作证、工牌、同事证言等间接证据，形成完整证据链的，仲裁委可能认定劳动关系并支持工资支付请求。
3. 若公司在仲裁中认可拖欠工资事实，仲裁委一般直接裁决公司限期支付。
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公司拖欠工资申请劳动仲裁可能面临法律风险：
1. 证据链不完整：仅提供同事证言证明拖欠工资，无劳动合同、工资条等客观证据的，仲裁委可能因证据不足不支持支付请求。
2. 公司无财产执行：即使仲裁裁决公司支付，若公司经营困难、账户无资金或转移财产，劳动者需通过法院强制执行，过程漫长且结果不确定。
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公司拖欠工资申请劳动仲裁的法律依据主要为《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：
根据该法第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”在工资拖欠争议中，劳动者需提供劳动合同、工资条等证明劳动关系及工资标准；若考勤记录等由公司掌握且不提供，公司需承担不利后果。同时，该法第二十八条规定，申请仲裁需提交书面申请及副本，载明双方基本信息、仲裁请求、事实理由、证据等事项。只要按规定提交申请和证据，劳动仲裁委员会将依法受理并裁决，因此申请劳动仲裁是解决公司拖欠工资问题的合法有效途径。

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